Du meinst, wenn Du zwei verschiedene E-Mail-Adressen verwendest? Dann ist es tatsächlich unschön. Die allermeisten Kunden werden aber nur eine E-Mail-Adresse verwenden.
Überhaupt sollte der zweite Faktor nicht übertragen werden. SMS ist etwas besser, aber hilft nicht bei kompromittiertem Endgerät.
Weshalb sich die Alliance SwissPass für ein veraltetes Verfahren und gegen den Standard TOTP entschieden hat, ist mir ein Rätsel.
Es ist eine gute Idee, per Formular, zu welchem @RolandP den Link gepostet hat, eine Rückmeldung zu geben.