Zur vorzeitigen Kündigung des Halbtax steht unter “weitere Fragen” beim Link https://www.sbb.ch/de/hilfe-und-kontakt/meine-abos/halbtax-kuendigen.html
Wenn Sie nahtlos von einem Halbtax auf ein GA wechseln, können Sie Ihr Halbtax vorzeitig kündigen. Gehen Sie dazu an eine bediente Verkaufsstelle des Öffentlichen Verkehrs. Sie erhalten dann auch ein Restguthaben für das Halbtax zurück.
Ich persönlich sehe bei Ihrem Anliegen kein Problem, da sich diese sinnlose Doppelspurigkeit ja nachweisen lässt - ich bin eher überrascht, dass so etwas nicht vom System her automatisch erkannt wird. Also am besten bei nächster Gelegenheit an eine bediente Verkaufsstelle des ÖV! Viel Glück!