Es kommen mehrere Faktoren zusammen: Der Velotransport ist ein relativ neuer Trend. Das Rollmaterial ist dafür nicht ausgelegt. Gleichzeitig sind neue Züge fixe Kompositionen, man kann nicht einfach einen Gepäckwagen anhängen, wie es früher gemacht wurde. (Zudem sind die Haltezeiten heutzutage zu kurz, um das Velo aus dem Gepäckwagen zu holen.) Viel machen lässt sich da nicht, weil die Hauptaufgabe der SBB der Transport von Personen ist. Mehr Veloplätze dürfen nicht auf Kosten von Sitzplätzen gehen. (Wobei es interessante Konzepte für Rollmaterial mit flexibler Platzeinteilung gibt.) Mit den Veloreservationen hat man wenigstens die Gewähr, einen Platz auf sicher zu haben, wenn man frühzeitig reserviert.
Wenn man mit dem eigenen Velo eine Freizeittour unternehmen will, nimmt man besser das Auto mit montiertem Veloträger. Je nach Region kann man aber zu vernünftigen Preisen am Bahnhof am Zielort ein Velo mieten, auch ein E-Bike. Dann spart man sich den Transport und muss nicht zwingend eine Rundreise machen, da man viele Velos an anderen Bahnhöfen zurückgeben kann.