Vielleicht haben Sie das Anliegen auch unglücklich - etwas ungenau formuliert. Der City-Zuschlag ist beim Beispiel in Bern und Basel möglich, aber ich gehe jetzt davon aus, dass die Frage nur den Cityzuschlag in Basel betrifft.
a) Wenn ich das Billett Halbtax von Bern nach Basel SBB löse mit Cityzuschlag kostet das Billett 20.50 + 6.10 Cityzuschlag Basel = CHF 26.60
b) Wenn ich das Billett von Bern nach Basel Universitätsspital löse mit Cityzuschlag kostet das Billett 22.40 + 4.20 Cityzuschlag Basel = CHF 26.60
Der Cityzuschlag Basel verringert sich also bei einem Streckenbillett Bern-Basel Universitätsspital um CHF 1.90 und dies ist genau die Summe, die sie vorher für das Streckenbillett bis Basel Universitätsspital mehr bezahlt haben (= 22.40 minus 20.50 = CHF 1.90)… also genau gleicher Vorgang wie das von @11407 berechnete Beispiel von Zürich HB.
Es versteht sich, dass von Stadt nach Stadt 2 Cityzuschläge möglich sind, man aber auswählen kann, welchen man will (oder beide). Wie @Bahnfan09 erwähnt, handelt es sich bei den Cityzuschlägen um eine Tageskarte für die betreffende Stadt, d.h. man kann sie entsprechend den ganzen Tag einsetzen.
Weil aber nicht jedermann in den Abgangs- resp. Ankunftsstädten eine Tageskarte braucht sondern nur als Abgangs- resp. Ankunftsort, kann man Streckenbillette so zielgerecht lösen. Die Zeiten aus meiner Jugendzeit, wo es neben dem Buschauffeur hinten beim Einstieg rechts ein Billettverkäufer auf seinem Sitz hatte (und gleiches Szenario im Anhängerwagen) und so ein kleines Papierfetzchen für die 20Rp, 50Rp oder 80Rp als Quittung bekam sind nun halt vorbei.