Wie weit warst Du beim Kaufvorgang, als Du eingestiegen bist? Zahlungsmittel schon ausgewählt?
Wenn man bei einem Smartphone den Bildschirm ausschaltet bzw. sperrt, werden laufende Apps pausiert. Wenn Du das zu früh gemacht hast, kann es sein, dass der Vorgang erst mit dem erneuten Entsperren abgeschlossen wurde.
Die SBB sollte das auf Deinen Einwand hin in den Logdateien prüfen können. Aber für die Zukunft: Smartphone erst verstauen, wenn der QR-Code erscheint.