Die SBB war vor 1999 eine Anstalt des Bundes, also der Bundesverwaltung angegliedert.
Die Aktien befinden sich zu 100% in der Hand des Bundes. Theoretisch könnten Anteile verkauft werden, der Bund muss aber immer die Mehrheit haben. (Bei der Swisscom hält der Bund nur noch 51% der Aktien.)
Der Grund für die Umwandlung in eine AG war der Wunsch nach Steigerung der Effizienz und teilweise auch Druck von aussen, Konkurrenz zuzulassen. Gleichzeitig mit der Umwandlung wurden Verkehr (Transportdienstleistungen) und Infrastruktur (Schienennetz) getrennt. Der Zugang zum Schienennetz ist seitdem für Dritte diskriminierungsfrei, nach kostendeckenden Tarifen, möglich. Zudem wurde der Güterverkehr liberalisiert, dort hat die SBB kein Monopol mehr.
Statt wie früher einfach Defizite zu decken, bestellt der Bund nun Transportleistungen bei der SBB. Wenn eine Konzession ausläuft, können auch andere Firmen offerieren, so zum Beispiel die BLS AG. Das fördert die Kosteneffizienz.
Das System ist sicher nicht ideal, aber sicher besser als vor der Liberalisierung und wohl auch besser, als total privatisierte Systeme (wie in England zu finden).
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